Misioni i Drejtorisë së Mbrojtjes së Bimëve është të garantojë mbrojtjen e bimëve nëpërmjet ofrimit të shërbimit të mbrojtjes së bimëve nga dëmtuesit dhe sëmundjet. Drejtoria e Mbrojtjes së Bimëve pranë Autoritetit Kombëtar të Veterinarisë dhe Mbrojtjes së Bimëve është e organizuar si vijon:

Në nivel qëndror është e organizuar në dy sektorë:

• Sektori i Certifikimit Fitosanitar dhe Monitorimit të PMB-ve
• Sektori i Shëndetit të Bimëve
• Në nivel rajonal është e organizuar në katër sektorë pranë Drejtorive Rajonale të Veterinarisë dhe Mbrojtjes së Bimëve:
• Sektori i Mbrojtjes së Bimëve Tiranë (Drejtoria Rajonale e Veterinarisë dhe Mbrojtjes së Bimëve Tiranë) i cili ushtron aktivitetin e tij në qarqet Tiranë, Durrës dhe Dibër.
• Sektori i Mbrojtjes së Bimëve Elbasan (Drejtoria Rajonale e Veterinarisë dhe Mbrojtjes së Bimëve Elbasan) i cili ushtron aktivitetin e tij ne qarqet Elbasan, Korçë dhe Berat
• Sektori i Mbrojtjes së Bimëve Vlorë (Drejtoria Rajonale e Veterinarisë dhe Mbrojtjes së Bimëve Vlorë) i cili ushtron aktivitetin e tij në qarqet Vlorë, Gjirokastër dhe Fier.
• Sektori i Mbrojtjes së Bimëve Shkodër (Drejtoria Rajonale e Veterinarisë dhe Mbrojtjes së Bimëve Shkodër) i cili ushtron aktivitetin e tij në qarqet Shkodër, Lezhë dhe Kukës.