AKVMB-ja e shtrin veprimtarinë në të gjithë territorin e Republikës së Shqipërisë dhe organizohet në nivel qendror, nëpërmjet Drejtorisë së Përgjithshme; nivel rajonal, nëpërmjet 4 (katër) Drejtorive Rajonale të Veterinarisë dhe Mbrojtjes së Bimëve dhe njësitë direkte të ofrimit të Shërbimit Veteranar. Struktura dhe organika e AKVMB-së miratohen me urdhër të Kryeministrit, sipas përcaktimeve në legjislacionin në fuqi për organizimin dhe funksionimin e administratës shtetërore, pas propozimit të Ministrit përgjegjës për veterinarinë.

Shtrirja territoriale e njësive direkte të ofrimit të shërbimit veterinar miratohet me urdhër të Ministrit, në bazë të këtyre kritereve: numrit të fermave; njësive të gjedhit; largësisë së fermave dhe njësive të gjedhit nga njësitë e ofrimit të shërbimit.

Drejtoria e Përgjithshme për ushtrimin e kompetencave të përcaktuara në legjislacionin në fuqi për shërbimin veterinar dhe atë të mbrojtjes së bimëve kryen këto detyra; analizon dhe zbërthen politikat, strategjitë e zhvillimit, programet në fushën e shëndetit dhe mirëqenies së kafshëve dhe shëndetit të bimëve; vlerëson nevojat dhe problematikat e hasura në terren, përvetëson ekspertizën e nevojshme dhe miraton vetë ndërhyrjet e nevojshme në rast se është në kompetencë të saj, apo bën propozimet përkatëse në ministrinë përgjegjëse për veterinarinë dhe mbrojtjen e bimëve; vë në funksionim, mban dhe përditëson regjistrat zyrtarë të parashikuar në legjislacionin në fuqi për shërbimin veterinar; harton planet e punës për kryerjen e kontrolleve zyrtare dhe për ofrimin e shërbimeve veterinare, bazuar në programet e hartuara nga struktura përgjegjëse për veterinarinë në ministri; harton planet e punës për kryerjen e veprimtarisë së kontrollit dhe shërbimit të mbrojtjes së bimëve; harton projektbuxhetin e AKVMB-së dhe e propozon atë në ministri; kontrakton në raste nevojash dhe emergjencash, në përputhje me urdhrat e Ministrit, veterinerë privatë, teknikë veterinarë, klinika private dhe njësi të tjera të shërbimit privat veterinar; administron pasuritë, burimet financiare dhe njerëzore të AKVMB-së; propozon në mënyrë të argumentuar, sipas kritereve të përcaktuara në këtë vendim shtrirjen territorale të njësive direkte të ofrimit të shërbimit; ndjek zbatimin e detyrimeve ligjore nga drejtoritë rajonale, veterinerët zyrtarë, agronomët e mbrojtjes së bimëve dhe personelit mbështetës; mbështet Ministrinë me të dhëna, ekspertizë teknike dhe propozime në hartimin e politikave e të strategjive; raporton në strukturën përgjegjëse për veterinarinë, në mënyrë periodike dhe sa herë kërkohet; raporton në strukturën përgjegjëse për mbrojtjen e bimëve, në mënyrë periodike dhe sa herë kërkohet; bashkëpunon me institucione homologe dhe organizata joqeveritare, vendase dhe të huaja.

AKVMB-ja drejtohet nga drejtori i Përgjithshëm, i cili përgjigjet përpara Ministrit. Drejtori i Përgjithshëm, në përputhje me legjislacionin në fuqi, por pa u kufizuar, me qëllim sigurimin e drejtimit dhe administrimit efektiv të AKVMB-së, kryen detyrat, si më poshtë vijon: Përfaqëson AKVMB-në në marrëdhënie me të tretët; miraton planet e punës afatmesme dhe afatgjata të Drejtorisë së Përgjithshme e të drejtorive rajonale; lidh kontratat e punës në përputhje me Kodin e Punës në Republikën e Shqipërisë, për nëpunësit/punonjësit, marrëdhëniet e punës të të cilëve rregullohen mbi bazën e këtij legjislacioni; delegon kryerjen e detyrave të përcaktuara për periudhën dhe veprimtarinë që delegohet, për drejtorët rajonalë ose punonjësit e tjerë të drejtorive rajonale; autorizon publikimin e informacioneve për median, publikun dhe subjekte të tjera; nxjerr urdhra dhe akte të brendshme, në përputhje me kuadrin rregullator dhe për zbatimin e politikave, strategjive, programeve të miratuara; kryen detyra të tjera, të parashikuara në legjislacionin në fuqi.

 Drejtor i Përgjithshëm emërohet nëse plotëson këto kritere; të jetë shtetas shqiptar; të ketë zotësi të plotë për të vepruar; të jetë në kushte shëndetësore që e lejojnë të kryejë detyrën përkatëse; të mos jetë i dënuar me vendim të formës së prerë për kryerjen e një krimi apo për kryerjen e një kundërvajtjeje penale me dashje; ndaj tij të mos jetë marrë masa disiplinore e largimit nga puna, që nuk është shuar sipas legjislacionit në fuqi dhe të ketë arsim të lartë, i diplomuar në mjekësi veterinare.

Drejtori i Përgjithshëm lirohet ose shkarkohet nga detyra kur; plotësohet mosha për pensionin e plotë të pleqërisë; dënohet me vendim të formës së prerë për kryerjen e një krimi apo për kryerjen e një kundërvajtjeje penale me dashje; deklarohet i paaftë për punë nga komisioni kompetent mjekësor; gjendet në një situatë të konfliktit të vazhdueshëm të interesit; jep dorëheqjen nga detyra; kryen shkelje të rënda gjatë kryerjes së detyrës;

AKVMB ka në varësi të tij katër drejtori rajonale; Drejtoria Rajonale e Veterinarisë dhe Mbrojtjes së Bimëve Elbasan, Drejtoria Rajonale e Veterinarisë dhe Mbrojtjes së Bimëve Vlorë, Drejtoria Rajonale e Veterinarisë dhe Mbrojtjes së Bimëve Shkodër, Drejtoria Rajonale e Veterinarisë dhe Mbrojtjes së Bimëve Tiranë.

Drejtoritë rajonale raportojnë te Drejtori i Përgjithshëm i AKVMB-së dhe kanë në përbërje të tyre edhe njësitë direkte të ofrimit të shërbimit veterinar. Drejtoritë rajonale drejtohen nga drejtorët rajonalë.

Drejtoritë rajonale e ushtrojnë veprimtarinë brenda juridiksionit të tyre dhe kryejnë këto detyra; vlerësojnë nevojat dhe problematikat gjatë ofrimit të shërbimit veterinar dhe atij të mbrojtjes së bimëve dhe propozojnë zgjidhjen e tyre në Drejtorinë e Përgjithshme; planifikojnë nevojat për Shërbimin Veterinar dhe atë të Mbrojtjes së Bimëve në territorin që mbulojnë dhe ja paraqesin atë Drejtorisë së Përgjithshme; koordinojnë dhe monitorojnë ofrimin e Shërbimit  Veterinar dhe atë të Mbrojtjes së Bimëve në territorin që mbulojnë; hartojnë raporte për marrjen e kampioneve, materialeve patologjike dhe rezultateve të analizave për çdo rast dyshimi dhe konfirmimi të sëmundjes dhe i raportojnë periodikisht në Drejtorinë e Përgjithshme; hartojnë raporte periodike mbi situatën në lidhje me shkallën e infeksionit në bimë dhe produkte bimore; detajojnë planet e punës të miratuara nga Drejtoria e Përgjithshme dhe kryejnë veprimtarinë ekzekutive të kontrollit e të shërbimit veterinar, në përputhje me aktet ligjore e nënligjore në fuqi; detajojnë planet e punës dhe kryejnë veprimtari ekzekutive të kontrollit e të shërbimit të mbrojtjes së bimëve, në përputhje me aktet ligjore e nënligjore në fuqi; lëshojnë dokumente dhe certifikata, sipas parashikimeve ligjore, akteve nënligjore dhe autorizimeve të dhëna nga Drejtoria e Përgjithshme; kryejnë detyra të tjera të ngarkuara nga ligji dhe aktet nënligjore apo sipas urdhrave të Drejtorisë së Përgjithshme.