Sektori i shëndetit, mirëqenies së kafshëve dhe farmakovigjilencës:

1. Kujdeset për zbatimin dhe mbarëvajtjen e survejancës veterinare, për marrjen në kohë të njoftimeve nga të gjitha strukturat veterinare shtetërore dhe private, të sëmundjeve të raportueshme sipas listës së miratuar nga Ministri. Kryen verifikimin dhe raportimin e njoftimeve ose ngjarjeve shëndetësore në kafshë.
2. Organizon dhe merr masat për zbatimin e kontrollit të sëmundjeve të shpërthyera rishtaz në një vatër.
3. Mbikëqyr zbatimin e kontrolleve zyrtare në njësitë ku mbahen kafshë, në përmbushje të detyrimeve ligjore për shëndetin dhe mirëqenien e kafshëve dhe e raporton periodikisht për kontrollet e kryera.
4. Monitoron dhe raporton periodikisht për certifikimet veterinare për importin ose eksportin e kafshëve të gjalla, produkteve embrionale dhe ushqimeve të medikuara për kafshë.
5. Monitoron dhe raporton periodikisht mbi përmbushjen e kritereve të mirëqënies së kafshëve bujqësore.
6. Koordinon dhe monitoron kontrollin e mirëqenies së kafshëve në të gjitha tipet e njësive blegtorale, gjatë transportit dhe gjatë therjes.
7. Monitoron tregtimin dhe përdorimin e produkteve mjekësore veterinare referuar kërkesave ligjore.
8. Bashkëpunon me Sektorin e Zbatimit të Masave Profilaktike dhe IR në lidhje me informacionin e rregjistrit RUDA

Sektori i Zbatimit të Masave Profilaktike dhe IR:

1. Mbikëqyr përditësimin dhe popullimin e të dhënave në sistemin RUDA.
2. Mbikëqyr dhe raporton periodikisht zbatimin e profilaksisë veterinare në mbështetje të programeve kombëtare të kontrollit.
3. Përgatit raportin e ecurisë së zbatimit të programeve të profilaksisë veterinare shtetërore.
4. Grumbullon, përpunon dhe analizon të dhëna të cilat paraqiten në formë raportesh sipas nevojave dhe kërkesave.
5. Siguron trajnimin e të gjithë strukturave rajonale për përdorimin e sistemit RUDA.

Sektori i Tregjeve dhe Thertoreve:

1. Mbikëqyr kontrollin veterinar dhe zbatimin e masave sanitare të kafshëve para, gjatë dhe pas therjes si edhe mbikëqyr certifikimin veterinar.
2. Mbikëqyr kontrollin veterinar dhe zbatimin e masave sanitare në tregjet e kafshëve të gjalla.
3. Mbikëqyr kontrollin veterinar dhe zbatimin e masave sanitare në njësitë e tregëtimit të kafshëve të shoqërimit.
4. Siguron planifikimin e veprimtarisë së kontrollit zyrtar në tregje dhe thertore, nëpërmjet analizimit të situatës së inspektimit, mbi përdorimin në mënyrë eficente të burimeve njerëzore dhe e proceseve të kontrollit duke garantuar uniformitetin e tyre.
5. Bashkërendon punën me struktura të tjera të AKVMB-së dhe institucioneve të tjera në fushën e sigurisë ushqimore në rastet kur evidentohen apo konfirmohen raste të sëmundjeve në kafshë ose shkelje të rregullave të mirëqenies së kafshëve.
6. Bashkërendon punën me institucionet e vetëqeverisjes vendore për menaxhimin e mbetjeve të thertoreve dhe tregjeve.